Оставшись без своих Евангелионов после Четвёртого удара, Синдзи, Аска и Рей находят убежище в одном из редких очагов человечества, которые ещё существуют на полуразрушенной Земле. Здесь они ведут совершенно иной образ жизни, далекий от того, что был, когда они были пилотами Евы. Но угроза для всего мира не оставляет им покоя. В горизонте возникает новый Удар, который станет истинным концом Евангелиона.

Наконец, начинается проект совершенствования человечества, и Wille вступает в последний исключительно тяжёлый бой, чтобы предотвратить Последний удар. По мере развития событий, каждый из героев осознаёт, что их мир уже никогда не будет прежним. Они вынуждены адаптироваться к новой реальности, где каждое решение может иметь огромные последствия.

Все надежды, страхи и тайны, которые сопровождали Синдзи, Аску и Рей на протяжении всего их пути, достигают своего пика в финальном противостоянии. Но смогут ли они справиться с трагедией, которая угрожает поглотить их мир? Или они обречены на судьбу, от которой нет спасения? Ответы скрываются в их внутренней силе и способности найти истинное значение Евангелиона.