После Второго Удара Япония превратилась в руины, и единственным оставшимся городом стал Токио-3. Здесь, каждый день, человечество сражается с гигантскими существами, известными как Ангелы, которые стремятся уничтожить нас всех.

Главный герой, Синдзи Икари, не видел своего отца уже три года. Но однажды он получает телефонный звонок, требующий немедленного посещения штаб-квартиры организации Nerv. Оказывается, Nerv борется с Ангелами, используя гигантских роботов, называемых Евангелионами.

Внезапно Синдзи становится пилотом Евы-01 и присоединяется к команде, в которой уже есть пилот Евы-00 Рей Аянами. Вместе они сражаются со страшными Ангелами, чтобы спасти человечество от полного уничтожения. Но Синдзи узнает, что миссия пилота Евангелиона не проста, и он должен справиться с внутренними конфликтами и тяжелыми решениями, чтобы выполнить свою судьбу и защитить мир.