Ангелы продолжают непрекращающиеся атаки, а в Nerv появляются два новых пилота: Мари Илластриэс Макинами, пилот Евангелиона-05, который погиб в своей первой битве, и Аска Лэнгли Сикинами, пилот Евы-02, а затем Евы-03. Оба они присоединяются к рядам борцов за спасение человечества от Ангелов.

Параллельно с этим, Гэндо Икари и Seele начинают проект по совершенствованию человечества, в котором задействованы Рей и Синдзи, а также загадочный Каору Нагиса. Суть проекта остается тайной, но его цель связана с эволюцией и будущим существования человеческой расы.

В этом продолжении эпической истории, пилоты Евангелионов сражаются с Ангелами, в то время как тайные силы работают над улучшением и изменением человеческой судьбы. Возникают новые загадки и опасности, которые подстерегают героев на каждом шагу. Смогут ли они преодолеть все преграды и спасти мир от уничтожения?