Прошло два года с окончания страшной войны между Землей и Координаторами - людьми с улучшенными генами. В мире наступило некое равновесие, но ни одна из сторон не довольна текущим состоянием. И вот, чтобы развязать новый конфликт, группа координаторов отправляет колонию Юниус 7 на Землю с надеждой, что ее падение уничтожит практически всю жизнь на планете.

Силы ZAFT, охраняющие Координаторов, взрывают колонию, но осколки падают на поверхность и наносят огромный ущерб миру. И снова война разгорается с новой яростью. Главные герои, принимая на себя ответственность, вынуждены вновь схватиться за оружие, чтобы спасти мир, который стал им так дорог.

Теперь им предстоит сразиться с новыми врагами, преодолеть сложности и найти путь к миру и пониманию. Впереди их ждут трудности, потери и решительные битвы. Но они не сдаются, потому что верят в силу дружбы и важность каждой жизни. Ведь только вместе они смогут преодолеть все преграды и вернуть мир и гармонию на Землю и в космосе.