Семь месяцев спустя после окончания Одногодичной войны, остатки Герцогства Зион превратились в Республику Зион и продолжили свою борьбу. В конце войны в секторе "Удар молнии" пилот Дэрил управлял мобильным воином "Психо-Заку", который смог уничтожить флот Братства Мур. Однако после потери "Психо-Заку" Дэрил отправляется на Землю в поисках информации об Альянсе Южных морей, военной группировке Земной Федерации.

В то же время, Ио, который всегда противостоял Дэрилу, получает свою собственную возможность. Он выбран для пилотирования прототипа мобильного воина "Атлас Гандам" и отправляется на Землю. Теперь, эти два бывших врага оказываются на противоположных сторонах баррикад, готовые сразиться друг с другом в этой новой главе конфликта.

В мире, где война и политические интриги стали обычным делом, Дэрил и Ио должны найти свое место. Каждый из них носит на себе бремя своего прошлого, и каждый из них стремится к своей собственной цели. Судьба этих двух пилотов станет решающей в борьбе за мир и свободу на Земле и в космосе.