Во время продолжающейся войны между натуралами (OMNI) и координаторами (ZAFT), один боец-координатор получает задание раздобыть недавно созданный мобильный доспех Земного альянса, который находится в колонии натуралов под названием Гелиополис. Наш главный герой, Кира Ямато, является координатором гражданской сферы и посещает технический колледж в Гелиополисе.

Однако, когда "ZAFT" силой захватывает четыре из пяти мобильных доспехов, Кира находит оставшийся - "Страйк" (Strike). В отчаянной попытке спасти свою жизнь и жизни своих друзей, он вынужден встать за штурвал "Страйка" и пилотировать его. В хаосе, который разразился, Кира также встречает своего детского друга Асурана Залу, который, к иронии судьбы, оказывается солдатом "ZAFT" и участвует в нападении на Гелиополис.

Управляя мощным "Страйком", Кира присоединяется к Земному альянсу на борту корабля под названием "Архангел", в надежде защитить своих друзей. Однако, он ощущает тяжесть борьбы против своего давнего друга и других людей, когда-то близких ему. Вместе с командой "Архангела" он сражается в этой эпической войне, полной драмы, предательства и потерь.