В мире, где прошло уже тысячу лет с тех пор, как загадочная раса Гауна уничтожила нашу Солнечную систему, выжившее население Земли оказалось вынуждено покинуть свой родной дом. На спасительных космических кораблях "Сидония" люди отправились в опасное путешествие, и теперь они борются за свое выживание, пытаясь избежать преследования со стороны неприятельских инопланетных тварей. Гауна - это гигантские и почти неуязвимые существа, лишенные разума.

Главный герой нашей истории - Нагатэ Таникадзэ, провел большую часть своей жизни в изоляции на борту космического корабля. Однако, когда его талант в управлении боевыми механизмами был обнаружен, он начал обучаться пилотированию. Теперь он и его товарищи-пилоты вступают в смертельную схватку с Гаунами, ставя на кон выживание всего человечества. Эта война является тяжелой и опасной, но герои готовы пойти на все ради спасения своей расы.

Весь мир "Сидонии" окутан напряжением и страхом. Каждый день люди встречают новые угрозы и сталкиваются с беспощадными атаками Гаун. Но, несмотря на все трудности, человечество не сдается и борется до последнего. Все надежды лежат на плечах Нагатэ и его товарищей, которые с каждым боем становятся сильнее и опытнее. Вместе они сражаются за свободу и будущее, несмотря на безумие войны и угрозу полного исчезновения.