Пришельцы Гауна — страшная угроза, нависшая над человечеством. Их появление заставило людей искать новый дом в космосе на корабле «Сидония». Но преследуемые ужасными врагами, бедолаги вынуждены сражаться за свою жизнь каждый день.

Рыцари-пилоты отлично справляются с защитой корабля, но время работает против них. Постепенно Гауны одерживают верх, люди гибнут, а новое оружие не всегда оказывается эффективным. Если не предпринять что-то решительное, враг победит.

В отчаянной ситуации военные и ученые решаются на создание химеры, объединяющей технологии и забытые знания. Так появляется Цумуги Сирауи - существо с телом Гауна и личностью человека. Она присоединяется к схватке, помогая людям, но ее присутствие вызывает разногласия и сомнения.