Человечество оказалось на грани вымирания из-за немилосердной расы Гауна, которые почти полностью уничтожили нас. Чтобы спастись, выжившие люди на кораблях-гигантах под названием "Сидония" покинули родную Землю. Отправившись в космическое путешествие в поисках нового дома, они время от времени останавливаются для запасов ресурсов.

Но угроза со стороны инопланетной расы все еще висит над ними, и чтобы защитить себя, ученые разработали специальные средства борьбы, которые военные освоили. Однако, никто не ожидал, что именно Нагатэ Таникадзэ, проведший всю свою жизнь на нижних уровнях корабля, станет ключевым игроком в этой битве.

Смерть его родственника вынудила его выйти из своей безопасной зоны и использовать свои навыки пилотирования, которые он приобрел на старом тренажере, чтобы помочь всей "Сидонии" в борьбе с безжалостными Гауна. Теперь он становится последней надеждой человечества на выживание и новую родину.