После событий второго фильма Синдзи Икари пробуждается спустя 14 лет. Он впервые ощущает смутное чувство непонимания, окружающий мир кажется ему чужим и загадочным. Но постепенно, в недрах его сознания, начинает раскрываться пугающая истина, которая заставляет его вновь вступить в сражение.

Ангелы, существа, созданные для уничтожения человечества, вновь являются угрозой. Синдзи вынужден войти в борьбу с ними, но на этот раз у него есть неожиданные союзники. Вместе с ним вступает в строй команда, состоящая из людей, которых он раньше называл друзьями, но судьба раскинула между ними непреодолимую пропасть.

Однако, Синдзи не может позволить себе сомневаться. Он снова стоит на передовой войны, снова принимает решения, которые влияют на судьбу всего человечества. Вопрос лишь в том, что он выберет на этот раз. Страх и сомнения, сила и предательство – все эти элементы складываются в сложный пазл, который Синдзи должен собрать, чтобы найти ответ и спасти мир от гибели.