В начале ХХI века на Антарктиде произошло нечто удивительное - метеорит упал прямо на ее территорию, вызвав таяние льдов и затопление прибрежных земель. Официальным объяснением стало Второе столкновение, но это только версия, которая скрывает истину. Мир оказался в хаосе, но со временем удалось восстановиться и идти дальше. Эта события получила название Второй удар.

Главный герой этой истории - молодой школьник по имени Синдзи Икари. Его отец, Гэндо Икари, является высокопоставленным чиновником в организации Nerv. Отец вызывает Синдзи к себе и предлагает ему пилотировать уникальное оружие - робота Евангелион. Синдзи, под давлением отца и обстоятельств, соглашается на это невероятное предложение. Вместе с другими пилотами он должен защищать город Токио-3 от нападений загадочных существ, называемых Ангелами.

С течением времени Синдзи начинает раскрывать правду о Втором ударе, Nerv и Ангелах. Он осознает, что весь его мир - это лишь иллюзия, созданная для скрытия истинных целей организации. Разум Синдзи постепенно погружается в бездну отчаяния, и он сталкивается с невероятными трудностями, чтобы сохранить свое человеческое "я" и найти свою собственную истину.