После победы над последним Ангелом, организация Nerv вынуждена столкнуться с новым врагом - людьми, скрывающимися под именем Seele. Главному герою, Синдзи Икари, который погружен в глубокую депрессию, предстоит сделать важный выбор: принять существование человечества и бороться за него, или отказаться от своей индивидуальности и человеческой природы.

В то же время, командующий Nerv, Гэндо Икари, готовится реализовать свою заветную мечту по совершенствованию человечества. Он планирует использовать загадочную Рей Аянами и Лилит для достижения своей цели. Судьба всего мира теперь зависит от исхода этой решающей битвы.

«Евангелион нового поколения: Конец Евангелиона» служит альтернативным финалом для противоречивых последних эпизодов «Евангелион нового поколения». Зритель окунется в захватывающую финальную битву, где на кону стоит не только судьба героев, но и будущее всего человечества.