После окончания кровопролитной Мировой Войны в Японии, наука сделала ошеломительный прорыв, начав развиваться не просто по дням, а по часам. Человечество получило возможность продолжать жить и смягчать страдания при помощи передовой кибернетики. Все люди теперь связаны системой умов и личностей, которая получила название "Призраки".

Однако самой серьезной угрозой для цивилизации стали кибер-террористы, способные похищать тела и память людей. Именно в этот момент система подверглась атаке вирусом, получившим название "FIre-Starter". Шокирующим событием стало убийство премьер-министра Японии, совершенное загадочным киборгом. Майор Мотоко Кусанаги и ее элитная команда оперативников специального назначения получили задание отследить источник заражения и остановить его распространение.

Погружаясь все глубже в расследование, главные герои обнаруживают следы правительственной коррупции и подозрительного брокера, который скрывает свои истинные намерения. Когда цель может находиться в любом месте и принимать любую форму, остается только один выбор - доверять своему "Призраку" и надеяться, что он не заражен. Судьба человечества теперь в руках Мотоко Кусанаги и ее команды, и только они смогут спасти мир от кибер-темной силы, грозящей погрузить его в хаос и разрушение.