Мотоко Кусанаги, освободившаяся от своих обязанностей в 501-м секретном отделе, теперь оказывается под командованием Дайсукэ Арамаки. В недалеком будущем кто-то взломал искусственный интеллект, известный как Логикома. В ответ на это, Бато решает собрать команду специалистов, чтобы преследовать злодея и найти его.

В его поисках он находит союзников в лице бывшего армейского офицера разведки Исикавы и специалиста по взрывчатке и подрывному делу Бомы. Вместе они образуют непобедимую команду, готовую справиться с любыми трудностями, чтобы достичь своей цели. Кусанаги также стремится привлечь к расследованию снайпера Сайто и тайного агента Падзу, чтобы усилить свои шансы на успех.

Так начинается очередная захватывающая операция Девятого отдела. В этом новом приключении главные герои должны не только противостоять врагам, но и раскрыть тайны, связанные с взломом Логикомы. Развернувшиеся события обещают множество опасностей, экшена и интриги, которые не оставят равнодушными поклонников этого захватывающего аниме.