С момента первого фильма прошло уже много лет, но «9-й Отдел» по-прежнему находится на переднем крае борьбы с преступностью. Главный герой, киборгизированный полицейский Бато, вместе со своим верным партнером Тогусой получают новое задание. Они должны разобраться в серии загадочных убийств, совершенных прототипами гиноидов, которые после преступления самоуничтожаются. Но перед своей смертью один из гиноидов обращается к Бато с просьбой о помощи...

Расследование ведет Бато и Тогуса в мир технологических интриг и тайн, где каждый шаг может оказаться ловушкой. Они сталкиваются с загадочными фигурами, скрывающими свои намерения, и пытаются раскрыть истинные мотивы убийц. Полицейские спешат найти ответы, ведь их бывшая командир, Мотоко Кусанаги, исчезла без следа, и за этим исчезновением скрывается много больше, чем они могли себе представить.

В этой захватывающей истории каждый персонаж сталкивается со своими сомнениями и противоречиями. Бато должен преодолеть свою собственную природу киборга и найти человеческую сущность внутри себя. Тогуса, в свою очередь, сталкивается с вопросами личной верности и преданности. А Мотоко, хоть и отсутствует физически, продолжает оказывать влияние на ход событий, ставя под сомнение все установленные правила и ограничения.