В январе 2118 года происходит необычное событие, которое меняет жизнь Аканэ Цунэмори, главного инспектора Бюро общественной безопасности. Она получает информацию о загадочном инциденте на иностранном судне и, совместно с руководителем отдела статистики Министерства здравоохранения и социального обеспечения, Ацуси Синдо, отправляется на место происшествия. Однако, по неизвестным причинам, расследование передают Исполнительному отделу бюро по координации действий за рубежом Министерства иностранных дел.

На борту судна обнаруживается тело доктора Милиции Стронской, которую Ацуси пригласил на встречу. Как выясняется, за инцидентом стоит организация "Нарушители мира", которую Исполнительный отдел преследует уже долгое время. Первый отдел департамента уголовного розыска приступает к расследованию и выясняет, что "Нарушители мира" нацелены на документ Стронской, известный как "Документ Стронской". Для совместного расследования они объединяются с Департаментом поведенческих расследований.

В ходе расследования в команду присоединяется бывший беглец из Бюро общественной безопасности, Шинью Когами. Он вместе с последним человеком, видевшим доктора Стронскую, Дзёдзи Сайги, отправляется в Дэдзиму для получения документа. Однако Аканэ и Когами сталкиваются с грандиозным делом, связанным с "документом Стронской". Перед ними открывается скрытая правда, способная потрясти не только японское правительство, но и всю систему "Сибилла". Это история, связующее звено между "Психопаспорт: Грешники системы - По ту сторону царства" и "Психо-Пасс 3".