Тэцуро Хосино - юный беспризорник, который вынужден жить на улице. Его мать была жертвой графа Меха, который убил ее ради собственного развлечения. Но у Тэцуро есть священное желание - раздобыть механическое тело и отомстить за смерть своей матери. Чтобы осуществить свою мечту, ему нужно добыть дорогостоящий билет на "Галактический экспресс 999" - космический поезд, отправляющийся на планету, где можно получить механическое тело абсолютно бесплатно.

В попытке украсть билет Тэцуро почти попадает в руки полиции, но его спасает загадочная девушка по имени Мэйтел. Она предлагает ему билет на "Галактический экспресс 999" взамен того, чтобы они отправились вместе в это захватывающее путешествие. Так начинаются приключения Тэцуро и Мэйтел, которые отправляются вместе на борт космического поезда, полного загадок и опасностей.

Но сумеет ли Тэцуро осуществить свою месть и найти убийцу своей матери? Какие тайны и цели преследует Мэйтел, помогая мальчику? И самое интересное, изменят ли все эти приключения мнение Тэцуро о том, что он действительно хочет обладать механическим телом? Подарят ли ему эти опасные и захватывающие события новое понимание себя и своей цели?