На множестве планет во вселенной, включая нашу Землю, люди уже не могут терпеть угнетение Механизированной империи и решают восстать. В этой бесконечной войне на Земле уже несколько лет участвует Тэцуро Хосино. Но люди проигрывают, и у Тэцуро остается только отчаяние. Однако внезапно на горизонте появляется Галактический экспресс 999, и вскоре Тэцуро получает сообщение от Мэйтел с просьбой вернуться на поезд. Сражаясь напоследок, он прорывается на станцию и отправляется в новое приключение, полное загадок и тайн.

Путешествуя на борту экспресса 999, Тэцуро осознает, что это не просто поезд, а настоящая машина времени. Он попадает в разные эпохи и миры, сталкивается с разнообразными существами и решает сложные головоломки. В каждом новом месте он встречает разных людей, которые также сражаются с Механизированной империей и мечтают о свободе. Вместе они объединяются, чтобы противостоять тиранам и вернуть своим людям мир и справедливость.

Но в пути Тэцуро также сталкивается с собственными внутренними демонами. Он задается вопросами о своей судьбе, о цене, которую приходится платить за свободу, и о границах между добром и злом. Вместе с новыми друзьями он ищет ответы и пытается найти свое место в этом бесконечном конфликте.