35 лет прошло с тех пор, как Линн Минмей принесла мир между расой Зентради и человечеством. Эти долгие годы были необходимы человечеству, чтобы снова осмелиться выйти в космос и отправиться в захватывающее исследование. В разные уголки Вселенной были построены и отправлены летающие крепости Макросс. Однако одна из крепостей, Макросс 7, неожиданно подверглась атаке загадочных пришельцев.

Противники не только нанесли атаку на крепость, но и похитили у людей их "Спиритию" - силу души, которая ослабляет человека и сводит его почти к коматозному состоянию. Но Максимилиан Джениус, великий командир крепости, не собирается сдаваться без боя. Он сражается с противником снова и снова, несмотря ни на что.

Во время одной из атак, гитарист и солист группы Fire Bomber, Басара Нэкки, решает вмешаться в сражение. Он осознает, что только музыка способна объединить сердца всех существ. Басара начинает петь, чтобы противостоять противнику и пробудить души людей. Сможет ли он повторить подвиг Линн Минмей и принести мир и гармонию в этот раздробленный мир?