Долгая и изнурительная война между человечеством и расой разумных машин, известных как "механоиды", наконец-то подошла к своему завершению. Когда механоиды расширили свое влияние по всей Вселенной и Земля оказалась практически под их контролем, обе стороны, хотя и с неохотой, вынуждены были принять перемирие. Зеро, бывший адмирал флота человечества во время Великой Галактической войны, теперь служит капитаном буксирного судна. Несмотря на то, что он потерял всю свою семью во время войны, Зеро по-прежнему остается верным защитником Земли.

В ходе одного из заданий на буксирном судне, Зеро подвергается атаке неизвестного пиратского корабля, получившего прозвище "Тень смерти". Он сражается с ним, но, к сожалению, проигрывает. Позднее командование поручает Зеро особую миссию: захватить капитана Харлока, легендарного пирата, который оказался тем самым нападавшим. Теперь, уже под знаменами Независимого Флота, Зеро отправляется вместе со своим бывшим военным линкором "Кария" и командой, состоящей из механоидов и людей, на поиски легендарного пирата, который внушает страх всей Галактике.

Так начинается захватывающее путешествие Зеро по Вселенной, полное опасностей и приключений. Он и его команда исследуют различные уголки космоса, встречая разнообразные расы и планеты, в поисках следов и подсказок, которые приведут их к Харлоку. В процессе путешествия Зеро сталкивается с множеством испытаний, но его решимость и вера в справедливость помогают ему преодолеть все трудности. Вместе с механоидами, которые когда-то были его врагами, Зеро учится находить компромиссы и понимать, что истинная сила и мощь лежат в объединении разных сил для достижения общей цели.