В далеком будущем, когда человечество уже колонизировало множество планет, появилась новая угроза. Враждебные организмы, известные как "виктимы", начали атаковать человеческие колонии, и вскоре осталась только одна планета - Сион. Чтобы защитить Сион, были созданы пять гигантских роботов, названных "Богини". Эти роботы обладали сознанием и были связаны с пилотом и механиком. Они стали последней надеждой для выживания человечества.

На космической станции GOA, которая являлась тренировочным центром для будущих пилотов, проходила подготовка и отбор кандидатов. Чтобы стать пилотом, каждый кандидат должен был обладать редкой группой крови и экстрасенсорными способностями. Среди них был и кандидат №88 по имени Зеро, юный школьник, только что прибывший в GOA. Он не подозревал, какие мрачные тайны и секреты его прошлого он скоро раскроет, и какую роль он сыграет в судьбе планеты.

В то время как Зеро учился и тренировался, монстры не прекращали свои атаки на Сион. Они были настроены уничтожить планету и все живое на ней. Зеро и его Богиня должны были объединить свои силы, раскрыть все секреты и найти способ остановить виктимов. Они стали последней надеждой для выживания Сиона и будущего человечества.