"Дуэльные монстры" - это захватывающая карточная игра, которая является аналогом "Игры теней", существовавшей в Древнем Египте более 3000 лет назад. Главным героем этой истории является школьник Юги Муто, который сумел собрать "Головоломку тысячелетия" - древнеегипетский артефакт, найденный его дедушкой Сугороку Муто во время своей экспедиции.

После того, как Юги собрал этот артефакт, происходит невероятное - он обретает второе "я", душу древнего египетского фараона, которая была заперта в артефакте на протяжении трех тысячелетий. Теперь Юги делит свое тело с этой древней душой, которая ничего не помнит о своем прошлом и нуждается в помощи, чтобы раскрыть тайны своего прошлого.

Главный сюжет сериала заключается в участии Юги в различных карточных турнирах, где он сражается с другими обладателями "артефактов тысячелетия". Вместе со своими верными друзьями Юги помогает фараону разгадать секреты его утраченных воспоминаний и восстановить его истинную сущность.