Археологам выпало невероятное счастье — они обнаружили ранее неизведанную гробницу могущественного египетского бога Анубиса. Воскресший из многовекового сна, Анубис решает одолеть Фараона и взять власть в свои руки.

В то же время завершился захватывающий Баттл-Сити, захватывающий турнир, организованный Сэто Кайбой с целью заполучить карты трех всемогущих богов. И теперь Юги, победитель турнира, стал настоящим героем и известен во всем мире своими удивительными навыками дуэлиста.

Но внезапно Кайба узнает, что Пегас имеет карту, способную противостоять всем трех богам. Он немедленно отправляется в Королевство дуэлянтов, чтобы завладеть этой картой. Однако никто не подозревает, что эта карта несет в себе лишь тьму и разрушение, так как она была создана самим Анубисом.