История начинается с того, как парень по имени Такуя получает загадочное сообщение на свой мобильный телефон. Всего лишь одно прочтение этого сообщения отправляет его в путешествие в неизвестность. Следуя указаниям, Такуя оказывается на станции, которая была упомянута в сообщении. Но для его удивления, место, в котором он оказался, населено детьми и полным-полно поездов.

Смело садясь на один из поездов, Такуя обнаруживает, что он не единственный путешественник. Вместе с ним отправляются еще четыре человека, каждый из которых загадочным образом связан с этим Цифровым миром. Их миссия состоит в том, чтобы спасти этот мир от опасности и разрушения.

В ходе своего путешествия, герои должны найти специальные духи, которые позволят им превратиться в легендарных существ, известных как дигимоны. Каждый дух имеет свои уникальные способности и помогает героям в битвах с врагами. Однако, они не одни, кто ищет эти духи. Главный враг, Керубимон, знает о прибытии героев и не собирается допустить, чтобы они достигли своей цели. Он готов пройти через любые преграды, чтобы остановить их и сохранить свою власть над Цифровым миром.