В 2199 году человечество оказалось на грани вымирания. Страшная инопланетная раса Гамилус неумолимо захватывала и уничтожала одну планету за другой. Земля оказалась следующей на их пути. Но среди отчаяния появился главный герой по имени Ямато, командующий могучим космическим линкором. Его единственная цель - спасти человечество от полного уничтожения.

Война с Гамилусом достигла своего апогея, когда противник решил воспользоваться метеоритным дождем. Огромные железо-каменные глыбы начали падать на Землю, уничтожая все на своем пути. Эта катастрофа привела к смерти всех живых существ на планете. Но это было еще не все - после окончания дождя, радиация заполнила воздух, обрекая остатки человечества на медленную и мучительную смерть. Но судьба приготовила им неожиданное спасение.

Из далекого уголка галактики наблюдала развитая цивилизация Искандар. Они не могли оставить людей без помощи и приняли решение спасти их. Через тайные каналы они передали сообщение о том, что существует возможность преодолеть огромное пространство в миллиарды световых лет. Однако для этого нужен мощный двигатель и новый космический корабль. Именно Ямато и его линкор оказались подходящими для этой миссии. Так началось восстановление и модернизация корабля в соответствии с инструкциями Искандара. Если им удастся успешно завершить строительство, выжившие смогут отправиться в опасное путешествие к спасению.