В мире, на грани уничтожения от инопланетной угрозы Зентреди, человечество отправляет колонизационные корабли в космос, чтобы обеспечить свое будущее. В одном из таких флотов, "Макросс Фронтир", жизнь старшеклассника Саотомэ Альто меняется навсегда. Во время его выступления на концерте поп-идола Шерил Ноум, флот внезапно атакуют неизвестные существа.

Пришельцы причиняют разрушение и хаос, и чтобы защитить Ранку Ли - девушку, которую он встретил недавно, Альто вынужден занять место погибшего пилота в новейшем боевом юните. За его действия во время инцидента его замечает частная военная компания "S.M.S. Skull Squadron" и предлагает Альто присоединиться к ним. В рядах этой организации он будет защищать своих друзей и "Макросс Фронтир".

Так начинается захватывающее приключение Альто, где он столкнется с опасностью, романтикой и популярностью. В битвах с пришельцами он будет совершенствовать свои навыки пилотирования и доказывать свою преданность. Но помимо этого, он будет искать свое истинное предназначение и раскрывать тайны прошлого, которые могут изменить судьбу всего человечества.