После 20 000 лет Харуо и оставшиеся люди возвращаются на Землю, чтобы обнаружить, что планета изменилась до неузнаваемости. Здесь флора и фауна превратились в живых Годзилл, а сама Земля стала огромным чудовищем, контролируемым гигантским Годзиллой высотой 300 метров. Человечество стоит на грани вымирания и вынуждено сражаться за свою выживаемость.

Жаждущий победы над Годзиллой и возврата планеты человечеству, Харуо встречает потомков коренных народов Земли, племя Хутуа. Сестры-близнецы Маина и Миана, предводительницы Хутуа, ведут его к останкам древнего оружия против Годзиллы - Меха-Годзиллы, который все еще жив и превратился в саморегенерирующийся нанометалл. Теперь Харуо должен найти Город Меха-Годзилла, созданный нанометаллом за многие годы, чтобы уничтожить монстра и защитить право человечества на жизнь на Земле.

Сражаясь с огромными препятствиями и борясь с внутренними конфликтами, Харуо и племя Хутуа объединяются, чтобы сразиться с Годзиллой и вернуть Землю людям. В этом эпическом путешествии они сталкиваются с битвами, предательством и собственными страхами, их решимость и сила превращаются в ключевые элементы в борьбе за будущее человечества. Смогут ли они одолеть Годзиллу и вернуть Землю своим собственным рукам?