2071 год. Человечество, завоевавшее всю Солнечную Систему, находится на грани вымирания. Луна, разрушенная в результате техногенной катастрофы, привела к катастрофическим последствиям для нашей планеты. Непрерывные метеоритные дожди обрушились на Землю, превратив ее поверхность в опустошение. Более 4,7 миллиарда людей погибли в первые недели после катастрофы, выжившие были вынуждены искать убежище в колониях на других планетах.

Со временем в Солнечной Системе всплыли преступные синдикаты, которые смогли укрепить свою власть. Чтобы справиться с угрозой, правительство решило возродить древнюю практику охоты за головами. Теперь охотники за головами отправляются в опасные путешествия по всей Солнечной Системе, чтобы найти и нейтрализовать преступников.

Спайк Шпигель и Джет Блэк - два опытных охотника, которых судьба свела на космическом корабле "Bebop 268710". Вместе они образуют команду, которая сталкивается с различными противниками и преступниками. Их ряды пополняются Фэй Валентайн - обольстительной картежницей, которая скрывает большой долг, и Радикалом Эдвардом - гениальным компьютерным хакером. Команду дополняет генетически модифицированная собака по имени Эйн.