Прошло три года с тех пор, как закончились события, описанные в «Приключениях Дигимонов 02». Наши главные герои столкнулись с типичными проблемами подросткового периода: дружба, любовь, учеба. Они уже не так близки, как раньше, и ощущают, как постепенно отдаляются друг от друга.

В один день, когда Тайчи готовился к футбольному матчу, а Ямато готовился выступить на концерте со своей группой, к ним в гости из Америки прилетела Мими. Однако в это же время в Японию проник Дигимон и напал на город прямо на глазах у Тайчи. В отчаянной ситуации, когда парень уже был загнан в угол, появился Агумон и пришел ему на помощь.

Скоро становится ясно, что некоторые Дигимоны в цифровом мире заражены. Теперь все Дигимоны-партнеры возвращаются к своим избранным детям, чтобы снова объединиться и спасти как наш мир, так и цифровой мир. Груз проблем и ответственности, ложащийся на плечи наших героев, становится слишком тяжелым. Они начинают испытывать страх, сомнения в себе, подвергаются давлению со стороны прессы и окружающих людей. И к тому же, в городе объявляется новый избранный ребенок. Воссоединившись со своими старыми друзьями-Дигимонами, нашим главным героям предстоит преодолеть множество трудностей, прежде чем спасти оба мира.