В японском будущем, в 2035 году, произошел взрыв, который стал масштабным инцидентом. Этот взрыв был вызван изучением искусственных организмов и привел к прорыву одного из них, который получил название Материи. Материя начала распространяться по всему ущелью Куробэ, в результате чего правительство запретило доступ в исследовательский город, который ранее считался надеждой для человечества.

Через два года после взрыва, пятнадцатилетняя Айко Татибана, потерявшая всю свою семью, узнает от переведенного ученика Юи Кандзаки удивительную правду об инциденте и о секрете, скрытом в ее собственном теле. Части головоломки, связанной с взрывом, находятся в Первичной Точке - эпицентре происшествия. Поэтому Айко отправляется в запретную зону вместе с Юи в качестве проводников, а также в сопровождении команды дайверов - людей, носящих специальные органические костюмы и выполняющих миссии на территории, захваченной Материей. Их цель - раскрыть всю правду об инциденте.

В глубинах запретной зоны Айко и ее команда сталкиваются с опасностями и загадками, которые они должны разгадать, чтобы раскрыть тайну взрыва и остановить распространение Материи. Их путешествие становится полным приключений и откровений, где каждый шаг приближает их к истине. Айко и Юи становятся неотъемлемой частью этой опасной миссии, которая может изменить судьбу человечества.