В далеком будущем, в 5012 году, Земля столкнулась с инопланетной угрозой - "Машинами". Эти жестокие существа, используя роботизированные формы жизни, почти полностью уничтожили человеческую расу. Оставшееся человечество вынуждено было спрятаться на Луне и создать боевую единицу андроидов YoRHa, чтобы вернуть Землю и победить захватчиков.

Главная героиня - андроид по имени 2B, является одним из многих бойцов YoRHa, защищающих Луну от Машин. Ее характер непреклонен, а боевые навыки безупречны. Вместе со своим напарником, андроидом 9S, обладающим высоким интеллектом и специализацией на хакерских атаках, они отправляются на Землю, чтобы изгнать Машины и вернуть планету людям.

По мере развития сюжета, 2B и 9S обнаруживают, что Машины также обладают осознанностью и эмоциями, и не все из них враждебны к людям. Герои вступают в контакт с оставшимися людьми, которые выживают в разрушенном мире. Однако, они также сталкиваются с более могущественным и таинственным врагом, который манипулирует событиями из тени. Чтобы раскрыть загадки истории, герои YoRHa готовятся к окончательной битве, которая может изменить ход судьбы всего человечества.