После трагической смерти родителей, маленького Такэру Яги приютит глава семьи Тома - Рокуносукэ Тома. Теперь мальчик окружен заботой и любовью своего нового семейства, включая лучшего друга и заклятого соперника из клуба кэндо - Такэси Ямато, а также сводных сестер Котоно и Асуку Сиратори, и его давнюю подругу Сэри Осу.

Жизнь Такэру была прекрасной, пока однажды он не проснулся вместе с ужасным землетрясением, которое разрушило его школу. Он встречает жуткий вид разрушений, словно это вековые руины его любимого учебного заведения. Еще хуже то, что все учителя и ученики исчезли без следа. Оказывается, что он не один - Сэри и Асука тоже остались, и они решают покинуть это место как можно скорее.

Прогуливаясь по пустынному городу, трое друзей осознают, что все население исчезло. Все здания, улицы и магазины - пусты и безжизненны. Перед ними стоит загадка, которую им предстоит разгадать. Они должны выжить в этом новом мире, понять причину исчезновения и найти способ вернуть все обратно, возвращая жизнь и надежду в эту заброшенную реальность.