Химавари Хината стремится стать настоящей ниндзей и поэтому поступает в Академию Шиноби. Она хочет стать самой лучшей девушкой-ниндзей, ведь когда она была маленькой ее спас загадочный незнакомец из падающего самолета. Этот инцидент стал поворотным моментом в ее жизни и вдохновил ее стать такой же сильной и отважной, как этот таинственный ниндзя.

Ее первый день в Академии оказывается полон сюрпризов. Химавари знакомится с новым учителем по имени Хаято Маденокодзи, который случайно спасает ей жизнь. Но, к ее удивлению, Хаято не обладает никакими ниндзя способностями. Оказывается, что он принял должность учителя только из-за высокой зарплаты, которая помогла бы ему выплатить его огромный долг. Но Химавари обращает внимание на татуировку на шее Хаято, которая идентична той, что была у ниндзи, спасшего ее в детстве.

Теперь Химавари начинает подозревать, что Хаято скрывает свои настоящие способности и прошлое. Она решает узнать больше о его тайнах и одновременно продолжает свое обучение, чтобы достичь своей цели стать мощной ниндзей. Вместе с Хаято они отправляются на захватывающие приключения, где они сталкиваются с противниками, раскрывают секреты и развивают свои навыки. Но смогут ли они преодолеть свои личные преграды и достичь своих целей?