Канаме Мадока - обычная японская школьница, ученица второго класса средней школы в Митакихаре. Живет в счастливой семье, где ее отец заботится о домашних делах, а мама - деловая женщина. У Мадоки также есть младший братик. Она окружена близкими друзьями и переживает все радости, веселье и печали, свойственные подросткам. Ее жизнь казалась обычной, пока одна случайная встреча не изменила все.

Однажды Мадока видит странный сон, где девушка сражается с силами тьмы. Утром она обнаруживает, что эта девушка появилась в ее школе. К тому же, появляется загадочная волшебница в виде милого, белого и пушистого зверька по имени Кьюбей. Кьюбей предлагает Мадоке заключить контракт и стать волшебницей, чтобы получить магические силы для борьбы с темной стороной. Но Мадока не знает, что за эту магию придется заплатить.

Постепенно Мадока узнает, что не все так просто. Вместе с другими девочками, она сталкивается с несоответствием между своим представлением о добре и зле и реальностью. Чтобы противостоять злу, 14-летняя волшебница должна объединиться с другими и использовать свои магические силы. Теперь Мадока и ее подруги должны принять сложные решения и пережить невероятные приключения, чтобы защитить мир от темных сил.