В мире, где средневековье переплетается с альтернативной реальностью, люди вынуждены жить в постоянной борьбе с опасными монстрами, известными как ёма. Эти твари охотятся на людей и питаются их плотью. Чтобы противостоять ёма, Организация создала орден воинов, которые являются полулюдьми, полуёма. Этот орден, известный как Клеймор, стоит на страже человечества, но за свою защиту требует определенную плату.

Клейморы, получившие свое название от оружия, которым они владеют, часто называют "серебряноглазыми ведьмами" из-за своего внешнего вида и холодного отношения к окружающим. Каждая Клеймор имеет ранговый номер, отражающий ее силу и способности. Однако их истинное предназначение и прошлое окутаны тайной.

История начинается с встречи двух главных героев - Клэр, девушки, которая является полулюдьми, полуёма, и Лаки, молодого человека, чьих родителей убил ёма. Это знакомство оказалось далеко не случайным, и вместе им предстоит пройти через множество испытаний, чтобы раскрыть тайны этого мира и историю Клеймор, которая далека от легкой. Они станут свидетелями того, как свет прольется на все события и откроет новые горизонты этого мира, о которых они даже не подозревали.