Михару Рокудзё - четырнадцатилетний парень, кажущийся тихим и апатичным, но обладающий невероятной силой. Он является носителем хидзюцу "Синрабансё", мощной ниндзя-силы, которую желают заполучить многие кланы. Эта сила может стать ключом к власти в мире ниндзя Набари.

Михару имеет двух союзников - его одноклассника Коити Аидзаву и их школьного учителя английского языка Тобари Дюрандала Кумохиру. Они принадлежат к клану ниндзя Бантэн и обещают защищать Михару от опасности, когда его сила "Синрабансё" пробудится. Хотя Михару изначально не интересуется всей этой ситуацией, он вынужден согласиться на их предложение, поскольку нападения ниндзя становятся все чаще и опаснее.

В борьбе с ниндзя рядом с Михару также оказывается загадочная и очаровательная Раймэй Симидзу - блондинка-самурай. Постепенно Михару все глубже погружается в мир ниндзя Набари, сталкиваясь с новыми опасностями и тайнами. Каждый день превращается в битву за выживание, где сила и дружба становятся его главными оружиями.