В недалёком будущем, чтобы справиться с возрастающим количеством нераскрытых преступлений в полиции, был создан особый "Девятый отдел". Руководит этим отделом молодой и амбициозный Цуёси Маки, который использует новейшую технологию МРТ для проведения расследований. Благодаря этой технологии можно получить полный доступ к воспоминаниям людей, даже после их смерти.

История начинается с приходом в отдел нового сотрудника, Икко Аоки. Весь рассказ идёт от его лица, и мы видим, как он впервые познаёт мир Девятого отдела. Он погружается в увлекательный мир расследований, где каждый случай открывает новые тайны и вызывает множество вопросов.

Но вскоре Икко Аоки осознаёт, что внутри самого отдела скрываются секреты и интриги. Он начинает задавать себе вопросы о том, кому можно доверять и кто на самом деле находится за исследованиями МРТ. Путешествуя по лабиринту загадок и интриг, Икко понимает, что решение каждого дела не только раскрывает преступления, но и влияет на будущее самого общества.