Милая и наивная девушка по имени Кобато отправляется на Землю с целью исполнить своё заветное желание. Для этого ей предстоит исцелять людские сердца, наполняя волшебную бутылочку «осколками» их страданий.

Проводником и куратором Кобато в мире людей выступает Иорёги – могущественное магическое существо в образе синего плюшевого пса. Разумеется, прибыв на Землю, Кобато оказывается в затруднительном положении. Ведь она не имеет никакого представления ни о людях, ни о жизни в их мире, а все её знания опираются на информацию, почерпнутую из манги.

Но несмотря на все свои странности, выясняется, что Кобато прекрасно подготовлена к миссии: обладая добрым и сострадательным сердцем, она искренна в стремлении помогать людям. Кобато быстро завоёвывает любовь и восхищение всех, кому помогает, однако самой ей не позволено проявлять чувства к тем, чьи сердца она исцеляет.