В центре сюжета аниме находятся Маи Кумаширо, дочь бывшего директора Академии Валдштейн, и Фумиаки Учида, путешественник во времени. В 2012 году Земля подверглась захвату инопланетянами, и несколько временных агентов были отправлены в прошлое, в 1999 год, с миссией найти и уничтожить загадочный объект, известный как Ключ Нострадамуса. Согласно пророчествам Нострадамуса, этот объект принесет нашему миру апокалипсис.

Действие аниме разворачивается в 1999 году, когда Маи возвращается в Академию с намерением уничтожить ее и занять место освободившегося директора. Однако ее планы меняются, когда она встречает Фумиаки и узнает о надвигающемся апокалипсисе. Несмотря на то, что она сначала не верит в эту историю, они заключают договор и начинают совместные поиски Ключа Нострадамуса.

Аниме "Ключ Нострадамуса" - захватывающее путешествие двух героев по временной линии. Они сталкиваются с опасностями, загадками и тайнами, раскрывая мрачные тайны прошлого и сражаясь с предсказанным апокалипсисом. Вместе они должны найти и разгадать загадку Ключа Нострадамуса, чтобы спасти мир от его неизбежной гибели. Это аниме полно волнующих поворотов событий и неожиданных открытий, которые оставят зрителей в напряжении до самого финала.