Ученицы Православной академии Святого Михаила, Мафую Орибэ и Томо Яманобэ, сталкиваются с постоянными проблемами, вызванными злобными одноклассниками, во главе с дочерью декана, Миюри Цуджидо, и её подругой Ханой Кацураги. Их жизнь кардинально меняется, когда на пути из школы девушки находят без сознания юношу и решают помочь ему, увезя его домой.

Оказывается, этот юноша - квайзер Александр Николаевич Хелл, или просто Саша. Он является адептом алхимии и обладает уникальной способностью управлять химическими элементами, применяя их в бою. Сашу отправляют в Академию Святого Михаила с миссией помешать таинственной организации «Афон» заполучить икону Царицынской Богоматери, которая, согласно преданию, хранится где-то в академии и дает ключ к самым большим тайнам вселенной.

Главная способность Саши - манипуляции с железом. Он легко может создать огромное оружие из любого подходящего железного предмета. Но для использования своих способностей квайзерам необходимо сома - особая магическая субстанция, похожая на женское молоко, которую можно извлечь из грудей учениц академии.