В 2013 году существует идеальный город под названием Зона №6. Этот город стал домом для Сиона, мальчика с необычайно высоким уровнем интеллекта. Его жизнь проходит в роскоши района Кронос, где ему позволено все. Но в день его двенадцатилетия все меняется, когда он знакомится с Нэзуми, прекрасным молодым парнем, бежавшим из исправительной колонии.

Сион решает помочь Нэзуми и укрывает его от Бюро общественной безопасности. Однако, за свои действия он платит высокую цену — он лишается всех привилегий и высылается из Кроноса в Потерянный город. Этот город полон опасностей и загадок, и Сиону придется столкнуться с ними, чтобы выжить.

Четыре года спустя происходит таинственное происшествие, которое приводит Сиона к открытию секретов шестой зоны. Он понимает, что его жизнь в Зоне №6 была лишь иллюзией, и теперь ему предстоит сразиться с силами, которые хотят уничтожить все, что он знал. Сион поймет, что чтобы выжить и защитить своих близких, ему придется использовать все свои способности и вернуться в Зону №6, чтобы сразиться с теми, кто угрожает его миру.