В 1973 году нашу планету атаковали инопланетяне по имени Бета, и мир человечества оказался на грани катастрофы. В ответ на это, были созданы огромные боевые экзоскелеты, известные как ТНИ, которые были развернуты на передовых линиях. Но даже эти мощные машины не смогли полностью уничтожить Бета, а также они привели к разрушению большей части Евразии. В течение последних 30 лет война продолжается, и человечество стало верить, что они не могут победить в этой борьбе.

В 2001 году в Японской Империи начинается разработка нового поколения ТНИ для защиты передовых линий на Дальнем Востоке. В это же время Соединенные Штаты Америки присоединяются к программе сотрудничества с Японской Империей для улучшения ТНИ. Этот совместный проект получил кодовое название "Протуберанец".

Юи Такамура, пилот ТНИ Имперской Королевской Стражи Японии, отправляется на Аляску, чтобы принять участие в этом проекте. В это же время Юя Бриджес, пилот из США, также направляется на Аляску с тем же заданием. Они не подозревали, что их встреча изменит судьбу всего человечества навсегда.