Молодой ниндзя по имени Сайзо Киригакурэ ищет своё место в жизни и смысл своего существования. В один судьбоносный день он встречает загадочную девушку Исанами, которая находится в бегах от жестоких убийц. Сайзо, несмотря на собственные сомнения и опасения, решает спасти Исанами и оказаться ей в помощь. Он соглашается охранять её во время их путешествия.

Дорога приводит Сайзо и Исанами к землям клана Санады, где они сталкиваются с могущественным лидером клана - Саскэ Сарутоби. Он собирает вокруг себя отважных и искусных ниндзя, с целью положить конец эпохе бесконечных войн в Японии. Сайзо, оказавшись в центре событий, присоединяется к группе Саскэ и становится одним из её бойцов.

В то же время, в Исанами пробуждается таинственная сила, скрытая в её сущности. Эта мистическая сила, неожиданно вырывающаяся на свет, становится предметом интереса и охоты для различных сил, стремящихся захватить её в свои руки. Сайзо и его товарищи должны защитить Исанами и помочь ей понять и использовать свою силу, ведь от этого зависит не только их собственное будущее, но и будущее всей Японии.