В центре сюжета находится Шиничи Кудо, молодой парень, который оказывается свидетелем опасных мафиозных разборок. Но судьба приготовила ему нечто необычное - Шиничи попадает в плен к преступникам и заставляется принять загадочную таблетку. После ее употребления герой засыпает и, очнувшись, обнаруживает, что его тело вернулось в прошлое, на десять лет назад. Теперь он - семилетний ребенок и решает использовать эту необычную ситуацию в своих интересах.

Кудо переезжает к своему отцу, который является главой детективного агентства и работает частным сыщиком. Никто не ожидает от семилетнего мальчика особого расследования, и Шиничи решает использовать это в своих целях. В то время как его обидчики продолжают его поиски, он спокойно и смело расследует дела, распутывая загадочные преступления.

С течением времени Кудо уже не раз доказал свою смекалку и талант в расследовании. Но на этот раз его ожидает самое захватывающее приключение. История вращается вокруг украденной картины "Подсолнухи" Винсента Ван Гога. Профессиональный воришка по имени Кайто Кид украл этот шедевр на выставке, и Конан Кудо начинает расследование, чтобы вернуть картину в мир искусства. Времени у него очень мало, ведь если картина окажется в частной коллекции, она будет утрачена для мира навсегда. Это станет настоящей трагедией для всех любителей искусства, особенно учитывая, что оригинал уже был утерян во время Второй мировой войны.