В мире, где человечество оказалось на грани уничтожения, появляется Доктор Хелл и его зловещая империя. Однако на свет появляется герой по имени Кодзи Кабуто, который с помощью своего робота Мазингер Зет и друзей из лаборатории фотонной энергии собирается остановить Доктора Хелла и вернуть миру мир и спокойствие.

Проходят долгие десять лет, и Кодзи, следуя примеру своего отца и деда, решает посвятить себя науке. Он становится ученым и погружается в изучение новых технологий и загадочных форм жизни. Однажды он обнаруживает что-то невероятное - таинственную сущность, зарытую глубоко под горой Фудзи.

Новые события, новые угрозы и новая судьба ждут человечество. И снова на плечи Кодзи, опытного героя, ложится ответственность принять решение, которое определит будущее всех. Вопрос стоит серьезно - бог или дьявол? И вновь Мазингер Зет, верный защитник, готов вступить в бой и решить судьбу всего мира.