В 1967 году после атаки инопланетных сил и захвата космической команды, исследующей Луну, Земля оказывается под угрозой. Внеземные существа, известные как BETA (Существа извне Земли), стремятся поработить человечество и захватывают множество стран. Однако Япония, с гордостью хранящая свои традиции и землю, решительно сопротивляется их контролю.

В этот непростой период на передний край борьбы отправляется Юи, юная девушка из благородного рода самураев. Она становится героиней, которая сражается с инопланетными силами, претендующими на владение Землей. Военное время меняет ее психику, но несмотря на это, Юи обретает настоящего друга в лице Юе. Вместе они идут через хаос войны, надеясь спасти человечество от внеземного угнетения.

В аниме с названием "Alternative" прошло 3 года после событий "Muv-Luv Unlimited". Главный герой, Такеру, просыпается в своей комнате и понимает, что происходит что-то странное. Он осознает, что был перенесен в прошлое, во времена действий "Unlimited". Решительно отвергая идею Альтернативы V, он решает помочь профессору Кодзуки завершить Альтернативу IV и спасти человечество от опасности. Вместе они сражаются с неизвестными силами, стараясь вернуть мир и спокойствие на Землю.