В древней Академии Камомэ ходит легенда о семи необъяснимых тайнах, окутывающих школьные коридоры и классные комнаты. Одним из самых загадочных событий считается существование Ханако - загадочной и мистической сущности. Говорят, что на третьем этаже старого школьного здания находится женский туалет, в котором Ханако появляется и исполняет любые желания, которые попросят ее посетители.

Нэнэ Ясиро - одна из учениц Камомэ, которая всегда была привлечена загадочным и необычным. Ее интерес к потустороннему и сверхъестественному побудил ее проверить правдивость слухов о Ханако. Смело собравшись с мыслями, она отправляется в ту самую туалетную комнату, полная решимости вызвать Ханако и увидеть ее собственными глазами.

Когда Нэнэ вызывает Ханако, она оказывается права - та действительно приходит на ее зов. Однако, Ханако оказывается совсем не такой, какой представляла себе Нэнэ. Вместо загадочной девушки, она обнаруживает мальчика - Ханако, обитающего в этом женском туалете. Вместе с Ханако Нэнэ начинает исследовать мир мистики и проклятий, раскрывая тайны и сталкиваясь с опасностями, которые пребывают в Академии Камомэ.