Триумфальное возвращение сериала, основанного на романе Сёдзи Гато, произошло спустя 13 лет после последнего сезона. Новая глава истории начинается с героев, которые вновь оказываются втянутыми в опасные события.

Сосукэ Сагара, молодой сержант, скрывающий свою истинную личность под маской безумного милитариста, вновь оказывается в коллективе своих сверстников. Его спасительницей и союзницей становится Канамэ Тидори - активная и бесстрашная девушка, обладающая сверхъестественными способностями. Безопасность Тидори становится главной задачей Сагары, ведь ее знания и способности привлекли внимание террористических группировок.

Сагара, управляя высокотехнологичным меха-роботом, балансирует между школьными буднями и боевыми заданиями, сражаясь с опасными противниками. Вместе с Тидори они прошли через множество испытаний, сражаясь с организацией "Амальгама" и другими девиантными личностями. Однако новый противник, Леонард Тестаросса, не намерен оставить их в покое. Он стремится отомстить и одержать победу над "Мифрилом", даже если это обойдется ему в высокую цену.