В мирное время нашей планеты неожиданно вторглись загадочные летательные аппараты, получившие название "Дзай". Они способны уничтожить все воздушные силы человечества. Для противостояния вражеским самолетам каждая страна начала разрабатывать особое оружие под названием "Дочери" - автоматические механизмы пилотирования "анима", которые выглядят как обычные девушки.

Уже несколько лет Дзай продолжают наносить удары по военным силам Восточной Азии. Вернувшись в Японию, флот, на котором находился главный герой истории по имени Кэй Нарутани, подвергается атаке Дзай вблизи китайского города Шанхай. Во время побега на спасательной шлюпке Кэй свидетельствует, как красный истребитель атакует вражеский летательный аппарат. Однако, ситуация не такая радужная: истребитель подбит и падает в море. Без раздумий Кэй решает помочь, но вместо пилота, одетого в оборудование, он обнаруживает маленькую хрупкую девочку по имени Грипен, которая становится последней надеждой человечества.

Предстоит нелегкая битва с Дзай для спасения человечества. Грипен, как "Дочь", обладает уникальными способностями и силой, которые она использует в сражениях. Вместе с Кэй они должны собрать команду из других "Дочерей", чтобы объединить свои усилия и противостоять непобедимому врагу. В их руках судьба всего мира, и они должны преодолеть множество испытаний, чтобы сохранить надежду на будущее и победить Дзай раз и навсегда.