Ацуси Накадзима и Рюносукэ Акутагава смогли добиться победы над "Гильдией", положив конец долгой и кровопролитной войне. Благодаря временному перемирию между "Вооружённым детективным агентством" и "Портовой мафией", обычная жизнь в Йокогаме вернулась. Эти два разноплановых коллектива смогли спасти город от полного разрушения.

Однако, несмотря на период временного перемирия, слухи о выживших членах "Гильдии" и других иностранных преступных организациях продолжают ходить по Йокогаме. Темные силы все еще скрываются в тени, готовые нанести новый удар. Дадзая, один из ключевых членов "Вооружённого детективного агентства", ощущает приближение новой беды и невидимую опасность, которая грозит городу.

В сумраке скрывается Достоевский, загадочный лидер организации "Крысы мёртвого дома". Его ужасные планы приближаются к своему исполнению, и Йокогама оказывается на грани новой катастрофы. Судьба города вновь оказывается под угрозой, и только объединение усилий "Вооружённого детективного агентства" и "Портовой мафии" может спасти его от полного уничтожения.